商鞅变法的历史局限：
（1）轻视教化，鼓吹轻罪重罚；如：刑法严酷；
商鞅制定的刑法非常严苛，如百姓违犯法律规定，在路边倒垃圾，就要被砍去双手，如盗窃牛马者要处以死刑。商鞅推行的法律体现了轻罪重罚的思想，迫使人们遵守规矩，达到以刑去刑的目的。史书记载，商鞅一次在渭水边处决了七百多人，渭水为之变赤。
（2）一定程度上加重了广大人民所受的剥削与压迫；
“连坐法”的推行以及轻罪重罚、什伍户籍制度及征收户赋，劳役沉重与“燔诗书”等法令一起，对全国城乡人民布下了一张严密的监察网，压得老百姓喘不过气来。
（3）变法并未与旧制度、旧文化、旧习俗彻底划清界限。
如二十等爵制明确规定按爵位高低占有数额不同的田宅和奴隶，公开承认占有奴隶的合法性，等等。商鞅实行的严刑峻法和文化高压政策，对后来的秦朝也有消极影响。
（4）重农抑商：压制工商业违背了社会经济发展的规律，阻碍了商品经济的发展和社会的进步，导致民主意识的弱化；
（5）焚烧史书，蔑视文化：摧残了文化，压制了思想，导致民族创新意识窒息；
（6）倡导君主独裁，选错了政治体制的方向。